pon una licencia, <!-- s:D --><!-- s:D --> y especificas q el codigo no debe ser copiado ni utilizado para ningun otro fin que no sea el del autor, puedes pedirles a un abogado especialista en informatica que redacte las limitaciones que quieres utiliza Zend Guard, pero ya existen paginas que los descompilan, por supuesto es una buena opcion ya que descompilar o des-ofuscar cada archivo php es algo muy tedioso igual estoy seguro que de codigo abierto tu proyecto es mejor. que cualquiera lo utilice y lo mejore para que tengas un feetback de otros usuarios y mejores tu proyecto

Dependendiendo de la aplicación que hayas creado, puedes ofrecerla como servicio en modo "hosted". Osea tu alojas la aplicación y le entregas una url de acceso a tus clientes y te ahorras un montón de problemas.